MTs Negeri 4 Barito Kuala merupakan salah satu madrasah yang menjadi pilihan utama maasyarakat Barambai. Hal ini dibuktikan dengan terus meningkatnya keinginan masyarakat mendaftarkan putera-puterinya untuk melanjutkan Pendidikan di madrasah ini. MTs Negeri ini semula adalah MTs Swasta Bernama MTs Al-Huda (1998) yang merupakan binaan dari MTs Negeri 3 Barito Kuala, dan otonomi khusus berupa perubahan status menjadi madrasah negeri sejak tanggal 05 Mei 1997. Selama kurun waktu tersebut, madrasah ini telah dipimpin oleh beberapa pejabat Kepala Madrasah :
- Tahun 1988 – 1990 : M. FADHLI HARIS
- Tahun 1990 – 1995 : AHMAD BARMAWI
- Tahun 1995 – 1996 : M. SIRAJUDDIN ARIFIN
- Tahun 1996 – 2007 : AKHMAD YANI, S.Ag
- Tahun 2007 – 2015 : Drs. ABD. HADI
- Tahun 2015 – 2020 : H. ABDULLAH ASUR, S.Ag
- Tahun 2020 – 2022 : H. AS’ARI, S.Ag, M.Pd
- Tahun 2022 – Sekarang : H. SYAPUANSYAH, S.Ag